Несторий прибыл в Ефес вскоре после Пасхи (апреля 19), сопровождаемый 16 епископами; перед самым праздником Пятидесятницы явился святой Кирилл во главе пятидесяти египетских епископов. Около 40 епископов прибыло из окрестных малоазийских городов ³⁹ . Папа Целестин, вследствие болезней и старости, не мог явиться и отправил двух епископов и пресвитера в качестве представителей себя и "всего собора западного", с наказом руководиться суждением святого Кирилла. Всего съехалось около 200 епископов, но Иоанн антиохийский и другие сирские епископы, которые в большинстве держали сторону Нестория, все не являлись. Съехавшиеся на собор епископы напрасно прождали их до 21 июня и, не дождавшись, открыли, наконец, свои заседания (21 июня 431 года). Вследствие достоинств своей кафедры, святой Кирилл принял председательство на этом соборе, причем сопредседателями его были Ювеналий Иерусалимский ⁴⁰ и Мемнон Ефесский. Но нечестивый Несторий оказал противодействие составленному собору и не являлся на него под предлогом, что он будет ждать прибытия Иоанна Антиохийского и сирских епископов. Отцы собора трижды приглашали его явиться, но он упорно отказывался. Тогда они приступили к рассмотрению сочинений Нестория и, по внимательном исследовании, осудили их, как еретические. Святой Кирилл представил собору свои письма к Несторию и другим лицам, в которых он изобличал нечестивое мудрование еретика, а также представил определения поместного собора, бывшего перед тем в Александрии. Отцы собора согласились с учением святого мужа, признав его православным и богомудрым, и одобрили определение поместного александрийского собора.

Между тем прибыл в Ефес Иоанн Антиохийский с сирскими епископами. Узнав о ходе дела, он, в защиту Нестория, составил отдельный собор, на котором принимал участие Несторий и все его сторонники. Зараженный ересью Кандидиан оказал содействие этому беззаконному собору, и на нем святой Кирилл был несправедливо обличен в ереси Аполлинария ⁴¹ , отрицавшей действительное человечество Христа и утверждавшей, будто Христос не имеет души, но вместо нее вмещает в себе Божество. Возводя на святого мужа такое обвинение, ложно клевеща на него, приверженцы Нестория стремились вооружить против него самого императора. На первых порах им удалось достигнуть своей цели. Император поверил их клеветам и повелел заключить святого Кирилла вместе с блаженным Мемноном, епископом Ефесским, в темницу ⁴² . Но потом, подвергнув все подробному исследованию и видя, с одной стороны, невинность праведного Кирилла, а с другой - явную ложь и злобу его врагов, Феодосий восстановил святого и доблестного святителя и его приверженца Мемнона в их должностях и ублажал похвалами терпение и кротость первого; еретиков же он повелел обуздать.

Таким образом, святой Кирилл снова стал во главе святых отцов, собравшихся в Ефесе для рассмотрения мудрований Нестория. На этом соборе установлен был тот догмат веры, что воплотившийся от Пречистой Девы Марии Господь наш Иисус Христос есть истинный Бог, а родившая Его Пречистая Дева Мария есть истинная Богородица. Когда это состоявшееся определение было провозглашено народу, то большая радость была среди всех верующих, и все граждане города Ефеса торжественно восклицали, но не так, как некогда, когда они говорили: "Велика Артемида ефесская" ⁴³ , - а совершенно другие слова: "Велика Пречистая Дева Мария Богородица". Несторий был осужден как еретик и богохульник и не только был лишен своего сана, но и отлучен от Церкви Христовой и предан вечному проклятию. К этому соборному определению присоединился потом и Иоанн Антиохийский с сирскими епископами. Император же сослал Нестория в отдаленнейшую страну, которая называлась Оасим ⁴⁴ . Здесь, оставаясь нераскаянным, нечестивый Несторий и окончил жизнь свою в тяжких мучениях. Именно у него живого был изъеден червями богохульный язык его.

Сколь противно православию происшедшее от еретика Нестория хуление Божией Матери, об этом говорит следующий случай, о котором рассказывает преподобный Иоанн в своем сочинений "Луг духовный" ⁴⁵ :