Подвиги преподобного при жизни создали почитателей основанного им монастыря и после его блаженной кончины. Пожертвования притекали непрестанно. Так в 1486 году князь тверской Михаил Борисович пожаловал монастырю село Андреевское на Борщине. Позже, в 1511 г., князь дмитровский Юрий Иванович числил за Калязинским монастырем несколько сел и деревень. Было много пожертвований и других менее знатных лиц.

Построенный преподобным Макариям деревянный храм Пресвятой Троицы постепенно стал приходить в ветхость. Почитатели обители и её основателя не замедлили придти на помощь в сей нужде.

В 1521 г. Дмитровский купец Михаил Боронков пожелал построить на месте старой деревянной церкви каменную. Боронков в детстве видал преподобного Макария, от своих родителей много слышал о его подвижнической благочестивой жизни и всю жизнь питал к обители благоговейное почтение. Колязинский монастырь находился в уделе Дмитровского князя Юрия Ивановича, родного брата великого князя Московского Василия Ивановича. С разрешения сего князя, также усердного почитателя памяти преподобного Макария и его обители, и по благословению Тверского и Кашинского епископа Нила ¹³ , Боронков приступил к исполнению своего намерение, при игумене Колязинского монастыря Иоасафе.

Тщательно была осмотрена местность для построения нового каменного храма, которому не вредила бы вода от озер. Остановились на более возвышенном месте с более твердым грунтом, саженях в десяти от старой деревянной церкви. После водоосвятного молебна игумен Иоасаф водрузил крест на месте, предназначенном для алтаря, и благословил копать ров для основание церкви. Стали копать. Место оказалось удобным, вода не выступала. При копании попадались кости прежде погребенных братий. Но вот на том месте, где был погребен преподобный основатель монастыря, нашли целый гроб, не подвергшийся тлению; от него исходило благоухание. Не смея тронуть ого, рабочие тотчас известили игумена Иоасафа, который с умилением и слезами лобызал откопанный гроб, ни минуты не сомневаясь, что эта драгоценная находка есть гроб Макария. По его распоряжению ударили в колокол; собрались братия и множество окрестного народа. Сейчас же подле старой церкви устроили палатку и, благоговейно подняв гроб из земли, перенесли его туда и отслужили над ним панихиду. Затем вскрыли гроб: разнеслось из него еще большее благоухание и тело преподобного, лежавшее в земле тридцать восемь лет, оказалось нетленным, даже ризы не пострадали и светлы были седины старца. Это событие произошло 26 мая 1521 г. Народ с умилением прославлял Господа, дивно прославляющего избранных Своих. Многие недужные и немощные, с верою притекавшие к ново-обретенным мощам, получили исцеление.

Игумен и братия, обрадованные такой благодатью, поспешили известить об этом Дмитровского князя Юрия Ивановича. Посланный иеромонах устно известил обо всем князя. Обрадованный князь стал ждать письменного извещения от игумена о совершившихся от мощей чудодейственных исцелениях. Игумен Иоасаф позаботился о том, чтобы были записаны важнейшие чудеса от мощей с именами получивших исцеление и отправил эти записи к князю. Юрий Иванович немедленно отправился в Москву и известил обо всем, совершившемся в Колязине, брата своего, великого князя Василия Ивановича, равно как и митрополита Даниила ¹⁴ .

Великий князь и митрополит поручили князю Юрию Ивановичу представить в Москву самолично хоть некоторых, получивших исцеление от мощей преподобного. Представлены были многие и засвидетельствовали истину. Тогда великий князь и митрополит послали в Колязинский монастырь архимандрита московского Чудова монастыря Иону для исследования на месте относительно всего, касающего открывающихся мощей. Архимандрит Иона явился в Колязинский монастырь, убедился в нетлении мощей Макария и в их чудодейственной силе и засвидетельствовал о сем в Москве пред великим князем и митрополитом.