Флорио Бустрон упоминает в своей хронике о том, что император также «вызвал к себе и удерживал короля Генриха, как будто бы тот был заключённым» (22), используя, в качестве тюрьмы,  все то же помещение лимасольского замка.
Когда же Жан д'Ибелин покидал Лимасол, то все собравшиеся у берега островитяне подняли такой крик, что  Фридрих, «услыхав их, сильно испугался и перебрался из дома, где остановился, в башню госпитальеров (23), лучше укрепленную и стоявшую ближе к его флоту», решив, что укрепленный замок намного больше подходит ему как резиденция, поскольку там можно будет защищаться в случае каких-либо военных действий, предпринятых недовольным местным населением и баронами Кипра.
В 1291 году, когда пал последний оплот крестоносцев на Востоке – город Акра (Сен Жан-д’Акра), рыцарские ордена тамплиеров и госпитальеров окончательно перебрались на Кипр. Госпитальеры к этому времени уже имели здесь свою Гранд Коммандарию в Колосси, а тамплиеры стали обосновываться на острове более основательно и, значительно расширили и укрепили замок в Лимасоле.  А на месте маленькой византийской часовни святого Георгия, которая располагалась к востоку от замка, они отстроили большую церковь, в готическом стиле.
В мае 1308 года на остров прибыли папские письма о судебном расследовании во Франции, с перечислением статей обвинений в адрес ордена тамплиеров. Король Амори де Лузиньян (24) дал указание начать опись имущества тамплиеров а братьев взять под арест. Несмотря на то, что большая часть рыцарей храма готова была взяться за оружие и сражаться, они были застигнуты врасплох, осаждены в Лимасоле, возможно в замке, однако 1 июня сдались, были арестованы и переправлены под конвоем рыцарей-госпитальеров в свои замки в Хирокитии, Йермасойе и Лефкаре. Вплоть до начала мая 1310 года судебные слушания на Кипре не проводились, и на последовавших допросах никто из рыцарей тамплиеров не сознался в предъявленных ордену преступлениях. Неизвестно, каким образом шло бы дальнейшее расследование, но оно было прервано вечером 5 июня, когда под лестницей собственного дома в Никосии был найден труп короля Амори де Лузиньяна. Правитель острова был задушен и изуродован. О новых расследования по делу тамплиеров ничего не известно, кроме кратких сведений о том, что в 1316 году многие братья умерли в башне замка Кирении, и, таким образом, орден тамплиеров закончил свое существование на Кипре.
Владения тамплиеров на острове были переданы королевским указом ордену госпитальеров еще в 1312 году, но Кипр уже не слишком интересовал рыцарей, поскольку в 1306 году госпитальеры начали успешное завоевание острова Родос, куда и перебросили свои основные силы.
Так, в силу исторических обстоятельств Кипр лишился военной поддержки двух самых могущественных профессиональных армий той эпохи, и поддержание обороноспособности и порядка на острове стало для правителей достаточно сложной задачей, особенно учитывая вражду между двумя сильными колониями – генуэзцев и венецианцев – уже давно закрепившихся на Кипре. В 70-х годах XIV века, во время военных действий между генуэзцами и венецианцами крепость Лимасола была разрушена, а город сожжен.
Восстановительные работы в замке начались во время правления Жака I (25), но, поскольку замок был очень сильно разрушен, то была проведена полная реконструкция интерьера, во время которой был отстроен высокий холл со сводчатым потолком, по всей западной стороне замка возведены мощные куртины (26), вместо нефа сделан двойной ряд небольших камер, обращенных друг к другу через узкий проход, а также просторный, не имеющий выхода наружу, подвал на три галереи.  Верхний этаж окружили деревянным балконом. Готическая церковь рядом с замком, отстроенная в свое время рыцарями-тамплиерами, была разобрана до каркаса.
Следующая страница истории Лимасольского замка датируется 1422 годом, когда египетский султан, решил выбить из пришедшего в запустение Лимасола обосновавшихся там пиратов, систематически нападавших и грабивших его торговые суда, снарядив для этого шесть военных кораблей. Но лимасольский замок, который использовался для обороны жителями города был хорошо защищен, а гарнизон упорно сопротивлялся и кораблям пришлось вернуться ни с чем. На следующий год мамлюки, стремительно напав на Фамагусту, захватили город, который, застигнутые врасплох генуэзцы сдали практически без боя. Следующим захваченным городом была Ларнака, а затем и Лимасол. Гарнизон лимасольского замка сопротивлялся недолго, поскольку рабы-сарацины указали нападавшим проломы в стене.

22 – Florio Bustron. Chronique de l'Ile de Chypre
23 – башня госпитальеров – вероятнее всего, это был замок Колосси, находящийся в 10 километрах от Лимасола
24 – Амори де Лузиньян, называемый также Амори Тирский. Регент Кипра с 1306 по 1310
25 – Жак I (1382-98) – король Кипра
26 – куртина (итал. Curitne - завеса) - участок крепостной ограды между фланками двух смежных бастионов или между двух башен