Атака с ходу была невозможной, как и полное окружение такой большой горы, поэтому в 1234 году королевское войско не решилось на его осаду.
Замок Монсегюр принадлежал Раймону де Перэйе и его знаменитой сестре Экслармонде, которая сама была еретичкой и потому предоставила его катарам для убежища. Возвращаясь из своих опасных и изнурительных поездок по Лангедоку, растоптанному слугами инквизиции, они находили в Монсегюре спокойное и тихое пристанище. Катары считали замок своим святилищем: пока держался Монсегюр, дело их не было до конца проигранным. Это было их духовное царство, куда в минуты самой невыразимой тоски и тяжкого отчаяния обращались взоры южан.
В мае 1243 года осаду Монсегюра начал сенешаль Гуго де Арси: он подошел к замку и окружил его, чтобы взять катаров голодом. Однако начавшиеся дожди позволили осажденным запастись водой на достаточно долгий срок, не опасались они остаться и без продуктов, так как всегда ожидали осады и заранее копили продовольствие. Да и связь с внешним миром никогда не прерывалась, так как сочувствие всего местного населения было на стороне осажденных. Кроме того, многие из крестоносцев сами были выходцами из Лангедока и втайне сочувствовали катарам, оставаясь с этой точки зрения ненадежными воинами. Поэтому в некоторых местах катары легко преодолевали неприятельские линии, доставляя в крепость провиант и подкрепление. Ведь к крепости можно было подобраться только по крутому восточному склону, к которому вели горные тропинки, известные местным жителям.
Но именно оттуда и пришла гибель Монсегюра. Может быть, кто-то из жителей края предал своих и открыл врагу труднейшую дорогу, которая вела к непосредственным подступам к крепости? Баскским горцам удалось забраться на самую вершину горы и захватить барбакон, выстроенный с этой стороны для защиты замка. Это произошло незадолго до Рождества 1243 года, но и после этого осажденным удалось продержаться еще несколько недель.
Только в последний день февраля 1244 года на стенах Монсегюра затрубили рога, возвестившие о том, что осажденные согласны на переговоры. Они сами попросили перемирия и даже предложили заложников в обмен на него. Примерно 400 остававшимся в крепости катарам предложили необыкновенно «мягкие» условия капитуляции' всем воинам даровалось прошение за совершенные преступления, им даже разрешался свободный выход из крепости со всем своим имуществом и ценностями. Многим объявлялась свобода, если они откажутся от своих убеждений и еретических заблуждений и покаются перед инквизицией в грехах. Для обсуждения этих условий катарам даже позволили сохранить за собой Монсегюр еще на две недели.
Срок перемирия истек 15 марта. На рассвете следующего дня из крепости грубо выволокли и стащили по склону горы более 200 катаров. Никто из них не отрекся от своей веры, и тогда их заперли в большом деревянном складе, располагавшемся у подножия горы, и подожгли его. А оставшимся в крепости приказали смотреть на пылавший костер...
Однако уцелевшие защитники скрывали в крепости еще четырех парфитов (проповедников и учителей), которые в ночь на 16 марта в сопровождении проводника совершили дерзкий побег, спустившись вниз по отвесному западному склону. Что заставило их совершить этот отчаянный и опасный побег, подвергая смертельному риску стольких людей? Согласно старинному преданию, эти четверо унесли с собой легендарные сокровища катаров. Но ведь сокровища были вывезены еще за три месяца до падения замка, да и много ли могли унести четыре человека на своих спинах, прыгая на веревках по отвесной скале?
Многие исследователи, в частности, английские писатели М. Бейджент, Р. Лей и Г. Линкольн (авторы книги «Святая кровь и Святой Грааль»), предполагают, что в последнюю ночь из замка были унесены архивы катаров и предметы религиозного культа И было среди них «нечто», что не могло быть вывезено заранее и оставалось в крепости до самого последнего и опасного момента. Поэтому защитникам Монсегюра и понадобилось время, и не просто время, а определенная дата. Это был день весеннего равноденствия, по-видимому, совпадавший с каким-то религиозным обрядом катаров У христиан весеннее равноденствие соотносится с Пасхой, но катары вряд ли придавали этому празднику большое значение, так как считали Иисуса Христа всего лишь одним из пророков и не верили в Распятие, а следовательно, и в Воскресение. Однако 14 марта, за день до окончания перемирия, в Монсегюре проводился праздник, который даже на осаждавших произвел сильное впечатление. Многие рыцари, презрев неизбежную смерть, приняли веру катаров, просили и получали утешение, тем самым обрекая себя на костер. Значит, это таинственное «нечто» было необходимо для проведения праздника и не могло быть вывезено заранее   Как и не должно было попасть потом в руки врагов... Через некоторое время комендант Монсегюра под пыткой признался, что бежавших звали Гуго, Амъел, Экар и Кламен. Я сам организовал их побег, чтобы они унесли наши сокровища и сверток, в котором заключались все тайны катаров.
Монсегюр был превращен в развалины, и крестоносцы победоносно заявляли, что ни один из еретиков «не оскверняет больше мир своим дыханием». Замок пал, однако рыцари не нашли там ничего для себя интересного. Но в любом случае вывезенное из Монсегюра нужно было куда-то доставить. Традиционно считается, что сокровища катаров были упрятаны в укрепленные пещеры Орнолака в Арьеже, где вскоре был уничтожен один из последних отрядов катаров. Но и здесь, кроме скелетов, ничего больше не нашли, однако до наших дней сохранились легенды о сокровищах — то ли материальных, то ли духовных, которые были сокрыты в горных пещерах, окружавших селение.