Археологические работы на его территории, по существу, только разворачиваются. Поэтому и теперь наиболее впечатляющими памятниками эллинистического периода Неа Пафоса остаются его подземные сооружения. Не всегда удается с точностью определить назначение этих сооружений, располагающихся преимущественно за стенами античного города. Так, близ северо-западных ворот находится подземный комплекс, состоящий из двух пересекающихся под прямым углом сводчатых коридоров, в которые открываются камеры. Высеченная в скале лестница ведет в один из коридоров с поверхности земли. Предполагают, что это запоминающееся сумрачной таинственностью своих сводчатых переходов сооружение могло использоваться как казармы для солдат, охраняющих городские ворота. Однако первоначальное назначение  его  было,  несомненно,  иным.  Может  быть,  это  святилище какого-нибудь кипрского божества, подобно открытому на территории восточного некрополя Пафоса подземному храму Аполлона Гилата — «лесного»? Этот храм состоит из двух небольших сообщающихся между собой помещений; первое — прямоугольное, второе —• круглое в плане с куполообразной кровлей. На этот раз нет сомнений в назначении этого любопытного памятника — их устраняет высеченная над входом надпись на кипрском силлабарии, датирующаяся концом IV века до н. э. и сообщающая, что это подземелье посвящено Аполлону. Почитание бога — покровителя леса в этом районе Кипра, славившимся в древности своими лесами, было вполне естественным.
Некоторые из таинственных подземных сооружений Пафоса использовались первыми христианами в качестве убежищ и храмов, подобно катакомбам Древнего Рима. Их также принято условно называть катакомбами. Близ дороги, ведущей в селение Като Пафос, расположены так называемые катакомбы св. Соломонии и св. Ламириана, устройство которых относится к ранне-эллинистическому времени. Они были хорошо известны в период средневековья, особенно катакомбы св. Соломонии. В XII веке в одном из подземелий была устроена расписанная фресками капелла, стены которой испещрены надписями, оставленными посетителями. Среди них можно прочесть имена ряда известных рыцарей-крестоносцев, посетивших Кипр. Возможно, популярность этих катакомб объяснялась наличием здесь источника, почитающегося священным. При расчистке его было обнаружено много обломков типичной для средневековья глазурованной керамики.

Наиболее интересные из подземных сооружений Пафоса открыты за пределами античного города, у дороги, ведущей в Старый Пафос, на территории северного некрополя. Это монументальные гробницы, из которых полностью расчищены и хорошо сохранились лишь три, а остальные, полуразрушенные и засыпанные песком, еще дожидаются исследования. Основной частью гробниц является прямоугольный, высеченный в скале и открытый сверху двор. Каменная лестница ведет вниз с поверхности скалы. Двор окружен колоннадой; дорические колонны портика — высеченные из скалы монолиты — образуют единое целое с увенчивающим их дорическим антаблементом с триглифно-метопным фризом. В этот перистильный двор с четырех сторон выходят высеченные в скале погребальные камеры. Такой тип могилы, сочетающий подземные гробницы с открытым, но углубленным в землю двором, не был ранее известен на Кипре, но хорошо засвидетельствован в Александрии Египетской, откуда он, очевидно, и проник на остров вместе с войсками Птолемеев. Подобные гробницы пока не встречены нигде на Кипре, кроме Пафоса. Они производят удивительно сильное впечатление контрастом мрачных темных камер и ярко освещенного дворика, монументальностью колонн и толщиной стен. Им уже в древности было присвоено название «царских», хотя в действительности они не могли служить местом захоронения царей Пафоса, так как датируются III веком до н. э., то есть временем, когда на Кипре, подпавшем под власть Птолемеев, не было царей. Не менее любопытны, хотя далеко не столь грандиозны по своей архитектуре, камерные гробницы некрополя у северной окраины Неа Пафоса. Они не имеют открытого двора, дромос ведет прямо в камеру, за которой иногда следует вторая. Но зато вход их украшен скульптурным декором, имитирующим триглифно-метопный фриз, а в камерах на стенах и потолке сохранились фресковые росписи, преимущественно орнаментального характера.
Как уже говорилось, археологические исследования Неа Пафоса  только  начинаются.  Еще  не  выяснены  ни  планировка античного города, ни местоположение его общественных сооружений. На территории селения Като Пафос есть место, где на поверхности земли разбросаны многочисленные обломки гранитных колонн; предполагают, что здесь находился форум римского времени.
Неподалеку от этого района, близ возвышенности, на которой, возможно, находился акрополь Пафоса, открыт театр. Сохранилось четырнадцать рядов скамей амфитеатра, охватывающего полукругом орхестру. Скамьи опирались на сводчатые конструкции и радиально сходившиеся к центру стены, промежутки между которыми были заполнены бутом. Шесть лестниц делят амфитеатр на семь секторов. Открыта сильно разрушенная скена, близ которой найдено много фрагментов украшавших ее колонн. Театр, видимо, был сооружен еще в эллинистическую эпоху, но окончательный вид приобрел в III веке н. э.
В Пафосе был и второй театр, меньший по размерам. Этот богатый и большой город несомненно доставит еще много неожиданностей археологам.